远古至秦代
关于邓州，《山海经》和《史记》均有记载，根据邓州发现的八里岗仰韶文化遗址推断，在6400多年前邓州便有人类生存。夏、商、西周、春秋早期诸侯国邓国的国都就在邓州，邓国还有一个附属国鄾国（在今襄樊市北）， 楚文王12年（公元前678年）楚国灭邓国，结束了邓国长达1274年的历史，随后楚国在今天邓州城区穰城路一带取“禾实丰登”之义设置“穰邑”，楚怀王十七年年（公元前312年）韩国袭楚，夺取穰邑；秦朝秦昭王11年（公元前296年）秦国打败韩国，取穰，穰遂为秦地，秦昭王三十五年（前272年），设置南阳郡（治宛），邓州隶属之，当时邓州境内设有三县，即穰县（治今邓州内城东南隅）、山都县（治今构林古村）和邓县（辖今构林以南）。
东汉建安二年（197年）曹操率大军发起“宛城之战”，围张绣于穰。邓州航运顺畅，湍河经新野汇白河入汉水再通长江，建安十三年（208年），曹操在穰城南郊开挖运粮河（今为小漕河），把邓州作为后方粮仓，为“赤壁之战”运粮草，供应前方作战。
南北朝至两宋
南北朝时，北魏孝文帝从邓州区位、地理、物产等方面综合谋略，于太和二十一年（497年），把南北朝以前一直设在汉水以南的荆州治所迁至穰（494年，因调兵之需，徙至洛阳），辖8郡41县达37年，穰随之成为北魏的政治、经济、文化中心，为邓州历史上辖区最大的时期，自隋开皇三年至唐肃宗乾元元年（758）的175年间，皆以穰城为治所，曾有三次置“以邓州为中心的南阳郡”；五代时，907年朱温废唐称帝建立后梁，梁太祖开平三年（909年）五月，升邓州为“宣化军节度”（相当于省级行政机构），治所设在穰，军区管辖泌州、随州、复州（今湖北天门市）、郢州和邓州，行政辖穰、南阳、向城、临湍、内乡、菊潭、淅川、顺阳（治所在李官桥）和新野共九县。后唐同光元年（923年）“宣化军”改称“威胜军”，后周广顺三年（953年）又改称“武胜军”，武胜军节度设在邓州长达323年，为南阳盆地的政治、经济、军事、文化中心达225年。
北宋初，仍设“武胜军”（治穰），领穰、内乡和南阳三县，徽宗崇宁年间（1102年-1106年）辖穰、南阳、内乡、顺阳和淅川五县，政和二年（1112年）将原为“上郡”的邓州升为“望郡”，庆历五年（1045年）十一月十四日，范仲淹在邓州上任，为邓州的人文历史写下了光辉的篇章；南宋初，邓仍归宋。绍兴十一年（1141年）十一月，宋、金议和，南宋对金称臣，将邓州割给金国，以邓州以西40里和以南40里为界，邓州处于金之前沿阵地，曾三设榷场（买卖交易的地方），与南宋互市。绍兴三十一年（1161年），金人被宋军击败，邓州复归南宋，二年后，金人南侵，这一带又归金国。金代的邓州，属南京路，州治于穰，并于此设武胜军节度。邓州时辖3县：穰（含顺阳、新野、穰东、板桥4大镇）、南阳（含张村镇）、内乡（含西峡口镇）。
六次迁都邓州之议
自北魏至金朝，历代统治者曾六度考虑迁都邓州。
第一次：公元533年，高欢将入洛阳，北魏孝武帝为了避开高欢，接近荆州刺史贺拔胜，考虑迁都邓州穰城，但散骑侍郎柳庆劝武帝迁都长安，权衡利弊后，孝武帝最终决定迁都长安。翌年，高欢入洛阳，后建东魏于邺。
第二次：公元624年秋，突厥颉利和突利二可汗自宁夏固原侵入渭水以北，唐朝大臣认为突厥之所以觊觎关中，是因为关中太富饶，建议迁都他处，可选襄、邓一带。唐高祖同意了大臣的建议，但秦王李世民竭力劝阻，最终未能成行。
第三次：公元896年，唐朝左谏议大夫兼同平章事朱朴上书朝廷讨论迁都襄、邓之事。朱朴认为：“国步多艰，当迁都图存，襄、邓之地，实惟中原，人心质良，去秦咫尺，而有上洛为之限，永无夷狄侵轶之虞，此建都之极选也。”据《新唐书》称，唐昭宗确曾有意迁都襄、邓，但考虑到依靠赵匡凝以自全，且由于朱温的牵制而未能实现。
第四次：公元1126年正月（宋钦宗靖康元年），金国准备攻打开封。北宋宰相白时中、李邦彦等谋划奉皇帝之命出逃襄、邓，以避开金人的攻势，但遭留守李纲竭力阻止；十一月，金兵再次进攻，南道都总管张叔夜劝钦宗“暂诣襄、邓，以图西据长安”，但钦宗未给明确答复。第二年，北宋灭亡。
第五次：公元1127年，金兵逼近应天府（今商丘市），高宗欲迁都以避开金军，尚书右仆射兼中书郎李纲等人主张迁都襄、邓，说：“臣尝言车驾巡幸之所，关中为上，襄邓次之，建康为下，陛下纵未能行上策，犹当且适襄、邓，以示不忘故都，以系天下之心。”但由于宰相黄潜善等人的极力反对，高宗最后采纳了黄潜善等人的建议，最终移都临安。
第六次：公元1233年（金哀宗完颜守绪天兴元年），蒙古军围攻金国都城开封，元帅猪儿主张迁都归德（今河南商丘南），但丞相赛不和右司郎中白华等人主张入邓州。第二年，哀宗先逃至归德，又逃蔡州（今汝南县），又一次计划进入邓州，却在蔡州遭到宋、元联军的包围而未能成行，最后帝亡国灭。
元明清时期
元朝初至元十年（1273年），邓州隶属于襄阳府。至元十六年（1279年），邓州属河南江北行中书省南阳府管辖，府治在南阳（今宛城区），州治仍在穰。原领六县，有穰、南阳、内乡、淅川、西峡、顺阳等。后又领三县：穰、新野、内乡。其辖境相当于今天的邓州市及新野、内乡、西峡、淅川等县。明代，邓州属河南布政使司南阳府。洪武二年（1369年）二月，废穰县。十三年（1380年）十一月复置穰县。十四年（1381年）五月，复省穰县入州，穰县自此不再设。州领3县：新野、内乡、淅川。清代，邓州仍属河南布政使司南阳府。雍正后，为散州不领县。
民国和共和国时期
中华民国二年（1913年），改邓州为邓县，属豫南道。民国三年（1914年），改属汝阳道。民国十六年（1927年），直属河南省政府。民国二十二年（1933年），划为河南省第六行政督察区。民国三十六年（1947年），中国人民解放军占领河南的西南部。12月，于湍河南部置邓县。民国三十七年（1948年）元月，置邓北县。9月，置邓西县。民国三十八年（1949年）1月，撤销邓西县，辖区分别归邓北县、邓县。3月，邓县、邓北县合并为邓县，归属河南省南阳专区。1972年12月，九重、厚坡两个公社的56个大队、573个生产队划给淅川县。1988年11月17日，经中国国务院批准，撤销邓县，设立邓州市（县级），仍由南阳市代管。2004年省政府批准邓州市享有全部省辖市经济及社会管理权限，为经济单列市。
2011年被省政府确定为全省十个省直管县市之一。
关于邓州，《山海经》和《史记》均有记载，根据邓州发现的八里岗仰韶文化遗址推断，在6400多年前邓州便有人类生存。夏、商、西周、春秋早期诸侯国邓国的国都就在邓州，邓国还有一个附属国鄾国（在今襄樊市北）， 楚文王12年（公元前678年）楚国灭邓国，结束了邓国长达1274年的历史，随后楚国在今天邓州城区穰城路一带取“禾实丰登”之义设置“穰邑”，楚怀王十七年年（公元前312年）韩国袭楚，夺取穰邑；秦朝秦昭王11年（公元前296年）秦国打败韩国，取穰，穰遂为秦地，秦昭王三十五年（前272年），设置南阳郡（治宛），邓州隶属之，当时邓州境内设有三县，即穰县（治今邓州内城东南隅）、山都县（治今构林古村）和邓县（辖今构林以南）。
东汉建安二年（197年）曹操率大军发起“宛城之战”，围张绣于穰。邓州航运顺畅，湍河经新野汇白河入汉水再通长江，建安十三年（208年），曹操在穰城南郊开挖运粮河（今为小漕河），把邓州作为后方粮仓，为“赤壁之战”运粮草，供应前方作战。
南北朝至两宋
南北朝时，北魏孝文帝从邓州区位、地理、物产等方面综合谋略，于太和二十一年（497年），把南北朝以前一直设在汉水以南的荆州治所迁至穰（494年，因调兵之需，徙至洛阳），辖8郡41县达37年，穰随之成为北魏的政治、经济、文化中心，为邓州历史上辖区最大的时期，自隋开皇三年至唐肃宗乾元元年（758）的175年间，皆以穰城为治所，曾有三次置“以邓州为中心的南阳郡”；五代时，907年朱温废唐称帝建立后梁，梁太祖开平三年（909年）五月，升邓州为“宣化军节度”（相当于省级行政机构），治所设在穰，军区管辖泌州、随州、复州（今湖北天门市）、郢州和邓州，行政辖穰、南阳、向城、临湍、内乡、菊潭、淅川、顺阳（治所在李官桥）和新野共九县。后唐同光元年（923年）“宣化军”改称“威胜军”，后周广顺三年（953年）又改称“武胜军”，武胜军节度设在邓州长达323年，为南阳盆地的政治、经济、军事、文化中心达225年。
北宋初，仍设“武胜军”（治穰），领穰、内乡和南阳三县，徽宗崇宁年间（1102年-1106年）辖穰、南阳、内乡、顺阳和淅川五县，政和二年（1112年）将原为“上郡”的邓州升为“望郡”，庆历五年（1045年）十一月十四日，范仲淹在邓州上任，为邓州的人文历史写下了光辉的篇章；南宋初，邓仍归宋。绍兴十一年（1141年）十一月，宋、金议和，南宋对金称臣，将邓州割给金国，以邓州以西40里和以南40里为界，邓州处于金之前沿阵地，曾三设榷场（买卖交易的地方），与南宋互市。绍兴三十一年（1161年），金人被宋军击败，邓州复归南宋，二年后，金人南侵，这一带又归金国。金代的邓州，属南京路，州治于穰，并于此设武胜军节度。邓州时辖3县：穰（含顺阳、新野、穰东、板桥4大镇）、南阳（含张村镇）、内乡（含西峡口镇）。
六次迁都邓州之议
自北魏至金朝，历代统治者曾六度考虑迁都邓州。
第一次：公元533年，高欢将入洛阳，北魏孝武帝为了避开高欢，接近荆州刺史贺拔胜，考虑迁都邓州穰城，但散骑侍郎柳庆劝武帝迁都长安，权衡利弊后，孝武帝最终决定迁都长安。翌年，高欢入洛阳，后建东魏于邺。
第二次：公元624年秋，突厥颉利和突利二可汗自宁夏固原侵入渭水以北，唐朝大臣认为突厥之所以觊觎关中，是因为关中太富饶，建议迁都他处，可选襄、邓一带。唐高祖同意了大臣的建议，但秦王李世民竭力劝阻，最终未能成行。
第三次：公元896年，唐朝左谏议大夫兼同平章事朱朴上书朝廷讨论迁都襄、邓之事。朱朴认为：“国步多艰，当迁都图存，襄、邓之地，实惟中原，人心质良，去秦咫尺，而有上洛为之限，永无夷狄侵轶之虞，此建都之极选也。”据《新唐书》称，唐昭宗确曾有意迁都襄、邓，但考虑到依靠赵匡凝以自全，且由于朱温的牵制而未能实现。
第四次：公元1126年正月（宋钦宗靖康元年），金国准备攻打开封。北宋宰相白时中、李邦彦等谋划奉皇帝之命出逃襄、邓，以避开金人的攻势，但遭留守李纲竭力阻止；十一月，金兵再次进攻，南道都总管张叔夜劝钦宗“暂诣襄、邓，以图西据长安”，但钦宗未给明确答复。第二年，北宋灭亡。
第五次：公元1127年，金兵逼近应天府（今商丘市），高宗欲迁都以避开金军，尚书右仆射兼中书郎李纲等人主张迁都襄、邓，说：“臣尝言车驾巡幸之所，关中为上，襄邓次之，建康为下，陛下纵未能行上策，犹当且适襄、邓，以示不忘故都，以系天下之心。”但由于宰相黄潜善等人的极力反对，高宗最后采纳了黄潜善等人的建议，最终移都临安。
第六次：公元1233年（金哀宗完颜守绪天兴元年），蒙古军围攻金国都城开封，元帅猪儿主张迁都归德（今河南商丘南），但丞相赛不和右司郎中白华等人主张入邓州。第二年，哀宗先逃至归德，又逃蔡州（今汝南县），又一次计划进入邓州，却在蔡州遭到宋、元联军的包围而未能成行，最后帝亡国灭。
元明清时期
元朝初至元十年（1273年），邓州隶属于襄阳府。至元十六年（1279年），邓州属河南江北行中书省南阳府管辖，府治在南阳（今宛城区），州治仍在穰。原领六县，有穰、南阳、内乡、淅川、西峡、顺阳等。后又领三县：穰、新野、内乡。其辖境相当于今天的邓州市及新野、内乡、西峡、淅川等县。明代，邓州属河南布政使司南阳府。洪武二年（1369年）二月，废穰县。十三年（1380年）十一月复置穰县。十四年（1381年）五月，复省穰县入州，穰县自此不再设。州领3县：新野、内乡、淅川。清代，邓州仍属河南布政使司南阳府。雍正后，为散州不领县。
民国和共和国时期
中华民国二年（1913年），改邓州为邓县，属豫南道。民国三年（1914年），改属汝阳道。民国十六年（1927年），直属河南省政府。民国二十二年（1933年），划为河南省第六行政督察区。民国三十六年（1947年），中国人民解放军占领河南的西南部。12月，于湍河南部置邓县。民国三十七年（1948年）元月，置邓北县。9月，置邓西县。民国三十八年（1949年）1月，撤销邓西县，辖区分别归邓北县、邓县。3月，邓县、邓北县合并为邓县，归属河南省南阳专区。1972年12月，九重、厚坡两个公社的56个大队、573个生产队划给淅川县。1988年11月17日，经中国国务院批准，撤销邓县，设立邓州市（县级），仍由南阳市代管。2004年省政府批准邓州市享有全部省辖市经济及社会管理权限，为经济单列市。
2011年被省政府确定为全省十个省直管县市之一。
